подскажите можно ли поставить D16A2 на Logo??

А по моему да. Коробки S4MA на D15 D16 ставились. У меня на D13 стоит, т.е. присоединительные размеры одинаковые. Блок у D16 где то на 6-7мм (не помню уже) выше. Впускной коллектор вроде упереться в щит не должен.

KoS можно. но коробку надо будет перебрать в любом случае.
Д16 мощнее, а значит и нагрузка на коробку будет больше. в следствии надо ставить более усиленные детали как в коробке, так и приводы колёс. Это еще нах. Оно того не стоит, умрет АКПП - выкинул, поставил контрактную за 6-7 круб.
Коробку надо правильно согласовать с новым двиглом. Если он более мощный скорости надо чтобы раньше переключались, иначе просто бензин будет в трубу вылетать без толку.

Ну и пусть. Один хрен пробежный трехскоростной автомат никому не нужен, только в металлолом сдать :). С другой стороны может и несдохнет, на партнере 1,3л наверняка такой же автомат стоит(то что 3 передачи это точно) и ничего они ездят и ездят.

Да у пацана такой партнер был вроде 3 скорости, он еще жаловался что мотор на скорости орет, но ты закрал сомнения во мне по этому поводу, надо мануал покурить